肛门有黄黄的黏液，需要根据病因，对症治疗。肛门有黄黄的黏液，首先考虑是因为肛裂引起的，特别是病程比较长的陈旧性肛裂，由于裂口长时间没有愈合，出现感染发炎，裂口会分泌黄色的黏液，可伴有肛门潮湿、瘙痒。
其次，考虑是肛瘘引起的。肛瘘是属于炎性的疾病，内口会分泌较多的黏液，黄色分泌物经过瘘管，从外口流出来，引起肛门有黄色的黏液。
此外，考虑是因为直肠脱垂引起的。直肠脱垂会出现肛门经常有肿物脱出，引起肛门括约肌松弛，肠道黏液和粪液会从肛门流出，引起肛门有黄色的黏液。出现这些疾病，保守治疗效果不好，需要手术治疗，才能治愈。