盐水虽然有一定的杀菌作用，但杀菌作用非常微弱，清洗肛瘘治疗作用非常小。
并且，经常用盐水清洗肛周组织，清洗后如果不用清水冲洗干净很容易导致盐分残留。盐分残留肛周组织部位还会持续刺激肛周组织，出现局部疼痛等情况。
对于肛瘘患者的肛周清洗，可以采取1:5000比例稀释的高锰酸钾溶液。也可以去医院肛肠科，医生会开具一些具有消炎作用的中草药药液，用这些液体清洗有比较好的消炎、消肿作用。
同时再辅助局部外用药物、饮食习惯调整、口服消炎药等治疗途径可能治愈部分肛瘘患者。