临床上确诊隐孢子虫病的检测方法一般有以下几种：
一、免疫学检测，检测特异性抗体，主要通过酶联免疫吸附试验，IgG抗体可以持续一年以上，一般在感染疾病之后的两个月左右可出现。IgM比较难以检测到，因为其虽然出现的比较早但是很容易消失，单克隆抗体测定以及免疫荧光试验的特异性和敏感性都高达100%。
二、便常规的镜检，可以看到脓细胞以及白细胞，有时会出现吞噬细胞，感染本病时可以在粪便中发现卵囊。
三、病原体检测，通过患者的呕吐物以及粪便，查找隐孢子虫的卵囊，如果发现了卵囊就可以确诊。