尿道口起水泡，多考虑可能为疱疹病毒感染所引起。当阴茎局部受到疱疹病毒感染后，可导致尿道口、包皮以及龟头等部位出现较多的小水泡。而且泡液清澈透亮，在水泡破溃后可引起局部皮肤糜烂、疼痛。
也可能为尿道口囊肿所引起。通常在出生后便可出现，伴随婴儿逐渐生长发育，尿道口囊肿也会逐渐增大。这种情况属于一种良性病变，当体积较小时一般没有任何自觉症状，当体积较大时可能会对排尿造成影响。必要时需进行手术切除治疗。
此外，还可能为机械性的摩擦所引起。比如经常穿化纤布料的内裤很容易因过度摩擦而导致尿道口出现水泡。