先天性鳃裂囊肿的病情比较复杂，鳃裂囊肿反复感染可以导致颈部包块逐渐增大，引起颈部压迫感，咽部牵拉感等。
本病主要采取手术治疗，可以做囊肿摘除术或瘘管切除术，同时需要处理受累的皮肤。若患者伴有继发感染，首先要控制感染，待炎症消退后再进行手术治疗。
由于鳃裂囊肿病变侵犯的范围比较广、分型比较多，手术关键在于严密缝合，封闭内瘘口。处理鳃裂瘘时应注意保护面神经，否则可能会引起面瘫而影响患者的外观。