萎缩性咽炎在治疗上首先要找出病因，对症治疗。并且加强体育锻炼，提高免疫力，及时补充体内维生素，可以达到治疗萎缩性咽炎的目的。
再者，也可以局部使用药物治疗，比如使用咽部灌洗的方法缓解症状，也可以使用超声雾化吸入的方式治疗萎缩性咽炎。另外，使用具有清热化痰功效的中药，对于缓解萎缩性咽炎的症状，有一定的帮助。
在使用药物治疗的同时，应注意清淡饮食，多吃胶原蛋白含量比较丰富的食物，减少辛辣、刺激食物的摄入。多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，有助于疾病的恢复。