规范的使用针灸疗法，是不会对身体产生副作用。但如果操作不慎、疏忽大意，或针织手法不当，这会对人体造成一些不应有的异常情况。
针刺过程中，患者由于体质虚弱、精神紧张，或疲劳、饥饿、大汗等会出现晕针。当患者精神过于紧张，肌肉收缩强烈时会出现滞针。由于医生进针手法不熟练，或患者留针时移动体位，会出现弯针或断针，针刺部位出现皮下出血或肿痛时，会出现血肿。
当妇女怀孕3个月以内时，是不能针刺少腹部。如果怀孕三个月以上者，腹部、腰骶部都不能针刺，像三阴交、合谷等穴位会造成流产，怀孕期间也是禁止。艾灸如果操作不当，会造成患者局部的烫伤。