两者的主要区别在于前庭大腺囊肿属于良性疾病，而外阴癌属于恶性疾病。
前庭大腺又称作巴氏腺，位于大阴唇后方，当腺管堵塞时，很容易出现前庭大腺囊肿。如果一旦合并感染会导致前庭大腺脓肿，主要就是外阴出现囊性肿物，影响正常行走，严重时会有明显的疼痛感或者破溃，应该及时处理，一般选择前庭大腺剔除术或脓肿切开引流术等。
而外阴癌一般表现外阴皮肤溃疡、出血或者恶臭等症状，可以通过外阴病灶活检送病理明确诊断。外阴癌的发病率相对并不高，一旦发现建议及时手术治疗，必要时选择放、化疗。