疱疹性咽峡炎和手足口病的治疗方法，并不完全一样。
首先，针对病情较为轻微的手足口病和疱疹性咽峡炎，治疗方法通常较为类似。治疗方案主要是针对患者的临床表现，通过适当的隔离、补充水分、增强休息等方式来缓解。临床症状较多时，还可以选用抗病毒药物及解热、镇痛类的药物来处理。
但是，针对较为严重的手足口病，尤其是引发了较为严重的并发症的手足口病，治疗方法上则与疱疹性咽峡炎有较大的区别。此类手足口病患者在治疗时，应针对并发症引发的症状，例如颅内压增高或是缺氧等，进行相对应的处理。