心内膜炎的治疗包括对炎症的控制和对并发症的治疗两部分。
炎症的控制主要是选择敏感的抗菌素静脉滴注控制感染，当然，这种抗感染的措施在药物的选择方面最好根据细菌培养和药敏试验的结果来选择，更有针对性。在细菌培养结果没有出来以前，可以先根据医生的经验选择广谱的抗菌素进行治疗，一旦药敏试验的结果出来，就要根据药敏试验的结果来选择。同时，药物的剂量一定要足够，疗程要充足。
对并发症的治疗，像贫血的问题，可以纠正贫血。如果有瓣膜的关闭不全，或者赘生物的颗粒非常大，炎症难以控制，需要通过外科手术清除赘生物或者进行瓣膜置换，解除瓣膜的狭窄或者关闭不全。通过这些综合措施，可以使心内膜炎获得良好的控制。