肝脓肿患者在医生的指导下进行积极的治疗，可以达到治愈效果，所以，一般是不会有后遗症的。
肝脓肿是指细菌、真菌或阿米巴原虫等微生物，引起的肝脏出现化脓性的病变。但部分患者如果不进行积极的抗感染治疗，可能会出现并发症。比如肺炎克雷伯杆菌引起的肝脓肿，治疗不当后可能会出现眼睛发炎。当转移到脑部时，可能会导致脑脓肿。转移到腰部肌肉，可能会出现肌内脓疡。
所以，当发现肝脓肿时，要进行积极的治疗，减少后遗症的发生几率，提高患者的生存质量。