肛交有可能会导致前列腺炎症，因为肛交的时候，阴茎接触粪便，肠道中有大量的微生物，很容易导致阴茎感染，引起龟头炎，炎症上行就会形成前列腺炎症。
由于肛门的粘膜很脆弱，肛交很容易导致肛门直肠粘膜破损，同时肛交的时候，肛门直肠没有性腺分泌物，很容易导致直肠损伤，或者痔疮，肛裂等引起出血的症状。
再就是由于直肠吸收性特别强，如果一方有性病，肛交的时候容易造成肛门损伤，就容易传染性病，比如，支原体、衣原体、梅毒、艾滋病、肛周尖锐湿疣、生殖器疱疹，都有可能通过肛交传染。即便使用避孕套，由于肛交没有润滑剂，很容易导致破裂或者脱落，所以建议严禁肛交。