多囊肾的治疗主要是在于治疗多囊肾引起的并发症，缓解患者的临床症状，同时保护患者的肾功能。
患者要低盐、低脂饮食，忌辛辣食物，戒烟酒，由于多囊肾患者容易出现高血压，所以要严格控制盐的摄入量，每天盐的摄入量约为2到3克。多囊肾的患者往往会出现血压升高，所以控制血压是保护肾功能非常有用的措施，可以选择血管紧张素转换酶抑制剂或者血管紧张素受体拮抗剂，在血压控制不理想的情况下，可以联合使用钙离子通道阻滞剂。
针对多囊肾引起的疼痛、感染或者出血，应当使用抗生素进行治疗，也可以使用超声引导下肾囊肿的穿刺硬化或者外科手术，切除肾囊肿等各种治疗方法。