房间隔缺损一共分为两大类，分别是原发孔缺损和继发孔缺损。
这种分类方法是按照病变的解剖部位来划分的，也是临床上最常使用的分类方法。原发孔的缺损，缺损部位比较靠下，接近于房室瓣，一般还伴有房室瓣的发育异常。
而继发孔缺损一般比较靠上。根据具体的病变部位，还可以再分为中央孔缺损、上腔静脉型缺损、下腔静脉型缺损和混合型的缺损。这种分类方法优点就是能够直观地反映房间隔缺损的病变部位，同时还可以对后期的治疗提供指导。