儿童疱疹性咽峡炎主要为病毒感染所引起，该病具有一定的自限性，一般无需特殊治疗。
如果出现明显的临床症状，应根据临床症状进行对症支持治疗。针对疱疹性咽峡炎比较严重的患儿，需要由医生指导应用抗病毒的药物，常用药物主要有干扰素喷雾剂、利巴韦林等。如果伴有发热症状，主要是应用布洛芬、对乙酰氨基酚等解热镇痛药物，有利于促使发热症状快速消退，缓解疼痛症状。如果出现惊厥症状，应由医生指导应用苯巴比妥、地西泮等药物，有利于快速终止惊厥发作。
此外，针对高热不退以及进食困难的患儿，应适当进行补液治疗，防止出现电解质紊乱、脱水。