二价、四价和九价HPV疫苗，最根本的区别就是它们含有HPv的种类不同。
HPV二价疫苗是针对于HPV16、HPV18甲型病毒所提取的疫苗。在宫颈癌的发生中，已经有明确的研究表明，16型和18型是导致宫颈癌的直接因素。注射含有这两种亚型的疫苗，就可以很大程度的降低，防止宫颈癌的发生。而四价的宫颈癌疫苗是在16型和18型的基础上，增加了6和11两种低危型的亚型，这两种低危型会引起生殖器官的尖锐湿疣，以及性病的发生。
而九价的宫颈癌疫苗是在四价的基础上，又增加了31 、33 、45 、52和58这5种亚型分型，这5种就是属于高危亚形，是目前覆盖范围最广的宫颈癌疫苗。