功能性消化不良的诊断方法主要通过以下几方面：
第一，临床症状，患者多出现上腹部的疼痛、胀满、烧心、恶心呕吐、消化不良、食欲减退等，并且以上症状在一年中持续四周及以上。
第二，辅助检查，检查主要是为了排除其他的疾病，通过内镜检查了解有无胃肠道的溃疡、糜烂或肿瘤性病变。影像学检查主要是为了排除肝、胆、胰、脾、肾等器质性的病变。
第三，排除是否存在腹部的手术史、精神类疾病。
功能性消化不良是比较常见的一种疾病，主要是胃肠道功能失调。