新型冠状病毒肺炎治愈后，是会遗留有后遗症的。后遗症有：
一、肺间质纤维化。新型冠状病毒肺炎在肺部受累比较严重时，即使病毒清除，患者症状好转，也会遗留有肺部的间质纤维化。患者会长期出现咳嗽、气短等症状，尚需要一段时间肺功能的恢复。
二、肾脏功能损伤。新型冠状病毒肺炎期间，患者可能出现急性肾损伤，患者痊愈后，一部分患者会遗留有肾脏的慢性损伤。
三、睡眠障碍。一部分患者由于在新型冠状病毒疫情期间精神紧张，会出现焦虑、睡眠障碍等情况。可以酌情使用改善睡眠的药物抗焦虑治疗。
四、心脏、肝脏及泌尿生殖系统后遗症等。