它主要根据肿瘤的分期、病理类型以及清洗性来决定治疗方案，手术是唯一可根治胸腺瘤的治疗方法，它适用于一、二期及可切除的三、四期患者。
胸腺瘤一期定义为大体和纤维镜下包膜完整，包括显微镜下肿瘤侵及，但未突破包膜的标准治疗，是全胸腺肿瘤的完整切除术这个单纯手术预后良好。
出现了二期定义，为纤维镜下浸透包膜。肉眼可见周围组织受侵或与纵隔胸膜包括心包严重粘连，但尚未穿透，治疗均已根治性手术为主，完全切除率接近百分之百，胸腺瘤三期定义为肉眼可见的邻近器官，例如心包大血管或者肺受亲如可能的，仍应争取根治性的手术切除。
胸腺瘤四期，它的定义为胸膜和心包播散，淋巴和血型转移，广泛的纵隔金瑞以及双侧胸膜累积的病例，通常不能手术。