起牙缝疙瘩的原因有很多，患者应及早到医院的口腔科就诊，查明具体的病因后，才好进行针对性的治疗。
起牙缝疙瘩可能是由牙周脓肿引起，主要是由牙周炎引起的牙周组织肿胀，肿胀部位通常位于牙龈边缘，患牙可有轻度的叩痛或者松动。
起牙缝疙瘩也有可能是牙龈增生以及牙龈瘤引发，青春期内分泌的改变、服用某些药物以及孕期激素水平的改变都有可能会导致牙龈增生以及牙龈瘤的发生。
起牙缝疙瘩还有可能是牙齿周围的骨质增生，主要是由于骨髓组织对牙周炎破坏的代偿性修复引起。