甲亢的并发症会引起甲亢性心脏病、甲亢合并周期性麻痹，严重的会合并甲亢危象。甲亢性心脏病会引起心律失常、心脏增大、心衰。甲亢合并周期性麻痹它最主要是因为甲亢患者因为劳累、精神紧张、寒冷、进食高碳水化合物等而引起的诱因。
临床表现为上肢、下肢、躯干软瘫发作，并伴随电兴奋性和反射消失。每次发病前常因有摄入过多的碳水化合物，暴露于寒冷或剧烈运动而诱发，严重者可累及及所有的骨骼肌包括呼吸肌，但是平滑肌不受影响，心功能很少受累及，表情肌、咀嚼肌、吞咽肌及动眼肌受侵犯较轻。
甲亢危象常常是因为一些感染应激及不适当的停用抗甲亢药物所引起的，甲状腺非常严重的一个并发症。