首先美沙拉秦栓的副作用有第一消化系统的副作用，偶见腹部的不适，腹泻、胃肠的胀气、恶心及呕吐。
第二中枢神经系统的副作用，个别患者可见头痛、头昏的现象。
第三过敏反应同水杨酸及其他衍生物一样，本品所出现了过敏反应，有非剂量的依赖性极少数患者可出现过敏性的红肿、药物热、支气管痉挛、心肌炎，急性胰腺炎等。
第四在服用美沙拉嗪期间，偶尔会会出现肺泡炎的出现，各别病例会出现全结肠炎。
第五在一定条件下，一些美与沙拉嗪有类似结构的药物，可出现红斑狼疮的综合征。