病毒引起的腹泻和细菌引起的腹泻的区别，首先病原微生物不同，其次患者的大便次数、大便性状以及大便颜色会有所不同，同时患者的临床表现也会存在一定的差异。
病毒性腹泻患者的大便成水样便，并且很容易出现脱水症状。而细菌感染引起的腹泻，主要是粘液性脓血便，每次大便的量不会很多，很少引起脱水等症状，但是有可能会引起反复发热以及恶心、呕吐等症状。
在治疗上两者之间也存在很大的差别，病毒性腹泻需要给患者口服抗病毒药物；而细菌性腹泻口服的是抗生素。