非淋菌性尿道炎是以药物治疗为主，同时还应做好局部的卫生护理工作。
非淋菌性尿道炎主要是因为支原体、衣原体感染而引起的，通过药物治疗，病情就可以得到改善。患者可以使用强力霉素、四环素等药物内服，从而达到消炎，治愈疾病的目的。
在使用药物治疗期间，同时还应当做好自己的局部卫生护理工作。尤其是有包皮过长的男性，应当经常清洗包皮垢，以避免影响到治疗结果。
非淋菌性尿道炎具有一定的传染可能性。因此在治疗期间应尽量避免有性生活，以避免疾病出现交叉感染的可能性。