3个月的宝宝拉肚子，建议前往医院做大便常规、过敏原等检查，确诊引起拉肚子的原因再对症、对因治疗。
宝宝的脾胃功能发育不完善，容易引起拉肚子。如果是乳糖不耐受引起的腹泻，可以在喂奶之前补充乳糖酶能改善拉肚子。对于牛奶蛋白过敏引起的腹泻，可以更换喂养的奶粉，改用氨基酸奶粉或者深度水解奶粉喂养。随着孩子逐渐长大，逐步过渡正常的奶粉。
对于细菌感染引起的拉肚子，可以给予抗生素控制炎症，结合蒙脱石散以及双歧杆菌等药物治疗。严重时要输液治疗，补充体内的液体以防电解质发生紊乱。