先天性直肠肛门畸形术后的常见并发症为术后感染、出血、切口不愈合或者愈合缓慢等。
先天性直肠肛门畸形属于肠梗阻，若不及时解除梗阻，新生儿会逐渐出现消耗症状而危及生命。因此，一经确诊应及时手术治疗。
由于此类手术需要进入到消化道以及泌尿生殖道，因此属于疑似污染的手术，手术后有可能出现切口感染的风险。若术中止血不彻底或者术后新生儿哭闹严重，有可能会引起切口出血。术后新生儿的营养差，有可能会引起切口延迟愈合，甚至不愈合。如果新生儿为瘢痕体质，有可能出现术后造瘘口狭窄。