先天性肛门直肠畸形是由于在胚胎期，由于各种原因未发育好，这种疾病主要的并发症会出现大便不通，容易出现便秘与腹泻相交替的情况。还有的会出现营养不良，因为直肠的畸形和肛门的畸形，有时会出现肠道的梗阻。
这些并发症建议尽可能的在早期进行治疗，可以通过手术的方式，将病情彻底的治愈，手术治疗之后，并发症自然会慢慢的消失。
一定要注意尽可能的均衡饮食，千万不要吃辛辣刺激性食物，让宝宝体质恢复的快一些，然后就是需要定期进行体检就可以了。