输卵管通水有些是会痛的。但是，也有一些疼痛并不是很明显，主要还是要看输卵管是否通畅，也就是通则不痛，不通则痛。
如果输卵管通水的过程中没有明显的腹痛、腹胀，一般就说明输卵管比较通畅，进入宫腔的液体经输卵管流入盆腔比较通畅，就不会造成明显的疼痛。相反，如果输卵管堵塞，宫腔的液体流不出去，就使宫腔的压力增大，导致疼痛比较明显。也有一些是因为过度紧张，导致输卵管痉挛，也会引起疼痛。
输卵管通水一般是在月经干净3到7天之内进行，通水前不能有性生活，而且要进行阴道分泌物化验，排除阴道及生殖系统的其他急性疾病，才能够进行通水。而且，通水的时候要放松心情，不要过于紧张，以免引起输卵管的痉挛，导致疼痛，出现假阳性的结果。