宫外孕和囊肿的区别在于：宫外孕是由于受精卵着床在宫腔以外形成的包块，而囊肿一般是指卵巢上的囊肿。宫外孕的包块一般界限不一定很清楚，而且相对比较小，主要为不均质团块，而囊肿有些为液性暗区，也有些为混合性团块，一般包膜比较清楚。
如果停经以后，尿妊娠试验或者抽血测HCG提示怀孕，但是宫腔内未见到孕囊，在宫外可以看到不均质团块，就有可能是宫外孕。如果附件区出现囊肿，一般不一定有停经史，尿妊娠试验为阴性。
所以宫外孕和囊肿虽然都是附件区的包块，但是根据停经史以及尿妊娠试验或者抽血测HCG还是能够明确，还是有明显的区别。