精囊结石大部分情况是由于精囊炎、前列腺炎、外伤、各种感染等多种因素引起。一般没有明显症状的精囊结石不需要治疗。
如果有许多结石，伴有明显的不适症状，如射精疼痛和血精，则可以检查这些症状的具体原因，因为精囊结石往往继发于某些疾病，如输精管阻塞和慢性炎症，减少精囊结石的形成是治疗原发性疾病的必要措施。
如果精囊结石体积小，位置相对较好，可以通过药物清除。如果结石体积大，而且卡压的部位比较危险，建议及时进行手术治疗，能够有效的帮助结石排出体外。