肛周脓肿如果已经出现化脓，最佳的治疗就是应该及时将脓肿切开，使脓腔内的脓液可以顺利的引流出体外，这样可以迅速的缓解肛周脓肿的临床症状。
目前在临床上对于已经化脓的肛周脓肿，大多采取一次性根治术，在手术中明确引发肛周脓肿的肛腺，并将其一并切开，就可以完全治愈肛周脓肿。
如果患者身体条件不允许手术，或者没有手术条件的情况下，可以使用中药外敷促使肛周脓肿破溃，也可以采取穿刺抽取肛周脓肿脓腔内的脓液，降低脓腔内的压力，缓解肛周脓肿的肿痛症状。