胸腺瘤放疗的不良反应比较轻，可能会出现放射性肺炎、放射性食管炎、放射区域的皮肤反应等。
胸腺瘤位于纵隔，放疗范围内会包括部分的肺组织，放疗时会照射到部分的肺组织，就可能会出现放射性肺炎，表现为咳嗽、少量的白痰，如果比较严重，可以加用激素减轻反应。
食管位于纵隔的背段，胸腺瘤的放疗会照射到食管，就有可能会出现放射性的食管炎，表现为吞咽异物感、吞咽疼痛，一般不需要特殊处理，如果比较严重，可以使用一些激素类的药物。放疗区域的皮肤，在放疗时会出现不良反应，比较轻的反应是色素沉着，比较重的是皮肤炎，与晒伤、烫伤一致，可以使用一些烧伤类的药膏局部外涂。