脑血栓最佳的治疗时间是在发病时间六小时之内。比如患者如果适合溶栓时，尽量给予溶栓治疗，包括静脉溶栓和动脉溶栓，静脉溶栓常用的药物有阿替普酶和尿激酶，
患者溶栓后可能会引起栓子迅速溶开，导致血管再通，可能会使脑部血流迅速的恢复，从而可能会改善脑组织缺血、缺氧的症状。可以最大限度改善神经功能缺损的症状和体征，可以减少患者的致死率和致残率。
患者如果不适合溶栓时，可以进行抗血小板聚集和神经保护治疗。一般情况下，患者发病后两周之内是治疗的最佳时间。如果患者发病时间超过一年，一般称为后遗症期，无特效的治疗方法，发病后一定要及时地治疗。