肛裂的疼痛有自己的特点，一般呈间歇性，周期性，与排便有关。典型的肛裂疼痛，在刚出现便意时，可感到肛门不舒服或者轻度疼痛。当粪便即将排出时，疼痛突然加重，呈撕裂样或刀割样。
在大便结束的短时间内疼痛几乎完全消失，经过数分钟之后疼痛又加重。呈痉挛性剧痛，持续时间从几分钟到几小时不等。这种疼痛临床上称为周期性疼痛。
所以肛裂不痛并不是代表痊愈，很可能是处于疼痛周期之间。很多患者误认为不痛，就是代表着肛裂痊愈是错误的。新鲜肛裂经过口服药物保守治疗才可能治愈。陈旧性肛裂需进行手术切除才能痊愈。