百日咳杆菌主要存在于百日咳患者的呼吸道内，可以通过打喷嚏、咳嗽等方式进行飞沫传播。
百日咳杆菌人是它唯一的宿主。由于它对热、对消毒剂，以及对干燥的环境等都比较敏感，所以百日咳杆菌对生存的条件比较苛刻，在人体外一般很难生存。所以百日咳杆菌由于密切接触百日咳患者使用的物品，来进行传染的可能性不是特别大。
要预防百日咳，主要是要做好百日咳患者的呼吸道隔离工作，百日咳患者隔离的时间，通常需要在发病后的40天，或者是出现痉挛性咳嗽的30天内，都需要进行隔离，以防止他人被传染。