不同亚型的颅内生殖细胞瘤，预后会有很大差异，所以无法进行准确判断。
患有颅内生殖细胞瘤后，生存时间会受到肿瘤性质、肿瘤亚型、治疗方法、肿瘤分期，以及患者个体体质等一些因素影响，所以不可以简单进行判断。
通常来说，良性的畸胎瘤进行手术切除后，患者的生存期不受到影响。如果为恶性肿瘤，在通过手术和化疗、放疗后，也可以适当延长生存期，延缓疾病进展，患者可以存活2~3年左右。如果此时正处于疾病晚期，则生存期会较短。