支气管镜检查相对于还是比较痛苦的。首先患者会对支气管镜检查产生一定的恐惧感，特别是在检查过程中常出现紧张的情绪。
当支气管镜进入咽喉部、声门的过程中，患者多伴有明显的呛咳、喘闷、气促、甚至有呼吸衰竭、有窒息感，特别是那些比较敏感的患者和老年人。部分患者在气管镜操作过程中还有可能发生缺氧、心律失常、血压升高等情况。
在支气管镜检查完以后，患者还有可能出现咽喉疼痛、声音嘶哑、咳血、发热等不适。通常在支气管镜检查前，予以局部咽喉部气管的雾化麻醉，还可以采取无痛支气管镜，以减少支气管检查带来的痛苦。总之支气管镜检查还是相对于安全可靠的检查手段，大多数患者是能耐受的。