粘多糖沉积病的确诊方法，首先要有特征性的临床表现。多器官的受累、身材矮小、特殊面容及骨骼系统异常。部分患儿可有智力发育进行性迟缓，脐疝、腹股沟疝、生长缓慢、脑积水、皮肤增厚、毛发增多、慢性流涕、耳部反复感染、并可致听力损害等等。
除此之外，可以应用一些辅助检查。
首先是根据黏多醣酶活性测定协助诊断。可以做尿粘多糖定性实验，24小时尿粘多糖测定以及酶活性测定。
第二、骨骼影像可以提供诊断依据，不同类型可以出现不同的骨骼影像。也可以测定白细胞酶活性，活检来确诊本病，各型的粘多糖沉积症均可在末稍血或骨髓的淋巴细胞，和中性粒细胞内现有大小不等、形态各异的深紫色粘多糖颗粒，测定末梢血白细胞中的酶活性，是诊断和鉴别各型粘多糖沉积症的主要依据。