婴儿出疱疹首先要查明是什么原因，然后才能采取对应措施进行治疗。
如果婴儿手心、脚心，以及口腔中都有疱疹，则可能是手足口病。隔离的同时需要根据病情给予不同的药物，如干扰素α等。但是不建议使用阿昔洛韦、更昔洛韦等。
体温超过38.5℃的婴儿，需要做好降温、退热处理。如果婴儿表现为咽峡部疱疹，考虑疱疹性咽峡炎，也需隔离。
如果未出现高热，可以不用特殊处理，能够自愈。体温较高的可以物理降温和药物降温，比如布洛芬。当有高热惊厥时，可使用咪达唑仑。