应该说到目前为止，自闭症的病因还不是完全的清楚。但是我们一般从两个方面去解释。比如遗传因素，从家族和孪生子的研究当中发现，自闭症患者的孪生兄弟姐妹大约有10%到20%可能有轻微的自闭倾向。
第二方面很有可能是受到了疾病的感染。比如说妇女在怀孕期间如果出现过麻疹、风疹，也就很容易使胎儿的脑部发育受损而导致自闭症。此外新陈代谢疾病，也会造成脑细胞功能的失调影响脑神经传递信息的功能而造成自闭症。在怀孕期间出现窘迫性流产，这样的因素也会造成婴儿的大脑发育不全。早产难产新生儿脑部受伤以及在婴儿期出现脑炎脑膜炎等等疾病都会造成脑部的疾病，并且因此增加自闭症发病的几率。