儿童龋齿使用失活剂危害相对于龋齿的危害来说是很小，常用的失活剂主要有三氧化二砷或多聚甲醛等。
由于砷剂毒性大，如果操作不当，很可能会引发化学性根尖炎、牙周组织坏死或者坏死性骨髓炎等疾病的发生。多聚甲醛虽有安全性高等优点，但失活的作用过于缓慢，给治疗带来诸多不便。
虽然失活剂有一定的危害，但是随着医疗技术的不断发展，医生的技术水平越来越高，失活剂给患者多带的危害也越来越小，几乎都在可控范围内，因此对于患有龋齿的人可安心的进行根管治疗，不要过度担心。