男性也有可能会感染HPV，但是感染的部位不同，引起的症状也不同。若感染的部位是生殖系统，可能会出现肉眼血尿、排尿不顺畅、尿道堵塞感，严重时还会出现排尿困难。
另外，生殖器部位或者肛门可能会出现高于皮肤表面的疣状赘生物，此时可能没有任何不适症状，部分可出现轻微疼痛或瘙痒。如果感染部位是咽喉部或者口腔，在说话时会出现声音嘶哑的现象，而且还会伴随吞咽困难，甚至吃饭、喝水都感到非常艰难。
如果男性感染高危型HPV，还会增加患肛门癌、阴茎癌的风险。