肛瘘术后小洞长不上可能是出现了术后复发，小洞处再次形成了外口，会有脓液或血水溢出，还需要再次手术治疗。
多种因素会导致肛瘘的术后复发，手术中没有找到内口或者内口找得不准确。内口是肛瘘感染的源泉，没有处理好术后还会再次感染，形成肛瘘。手术中肛瘘的窦道未处理、术后引流不畅、手术后换药不及时、伤口形成了假愈合，这些因素都会造成肛瘘术后复发。
肛瘘术后小洞长不上，还可能是伤口愈合不好。手术后伤口周围出现了硬化的瘢痕，瘢痕组织发硬、血运差或者出现了炎症，会使伤口难以愈合。可以手术清除周围瘢痕，露出新鲜肉芽组织，经过换药逐渐愈合。