红霉素软膏和红霉素眼膏都是可用于抗感染的药物，其抗菌作用基本一样，因为都是以红霉素为主药的成分。但是由于添加的基质不同，所以这两种药物的用途并不一样。
红霉素软膏主要用于皮肤感染方面的治疗。而红霉素眼膏添加的基质刺激性很小，所以适合在眼部使用，其主要为眼科用药。比如对于结膜炎、眼睑炎、角膜炎，还有睑板腺炎等，这类细菌感染的眼部病症，可以使用红霉素眼膏治疗。
而皮肤方面的感染，如疖肿、小面积烫伤、化脓性痤疮等，适合使用红霉素软膏治疗。