当怀疑非淋菌性尿道炎时，首先要进行分泌物涂片及培养检查，当在分泌物涂片及培养发现了有支原体及衣原体等致病菌存在时，就可以考虑存在非淋菌性尿道炎。
此外需要行尿常规检查和血常规检查。尿常规检查可以发现尿液中有白细胞存在；血常规检查患者的白细胞计数是否正常。
此外对于支原体检测可以通过血清诊断，衣原体检查可通过免疫荧光法诊断。非淋菌性尿道炎由于其症状相对较为不明显，在治疗一段时间症状消失后需要继续复查，连续两次培养阴性，方可认为达到了痊愈。