小儿肛周脓肿治疗并不难。小儿肛周脓肿大多位置浅表，可以在门诊局麻下行脓肿切开引流术。
虽然小儿肛周脓肿治疗上并不困难，但需要及时治疗，及时将脓腔切开引流，并保证引流通畅。因为本身小儿的抵抗力比较差，如果不及时将脓腔切开引流，脓肿范围有可能会继续扩大而加重局部感染症状，还有可能会引发全身性的感染，会出现发热等全身症状。
极少数患者经切开引流后就可以完全治愈，大部分患者会在引流术后形成肛瘘，需要择期再行肛瘘根治性手术才能完全治愈。