含牙囊肿在手术的时候是选择局麻还是全麻，主要是取决于囊肿发生的部位、囊肿的大小、选择什么样的手术方式，以及含牙囊肿治疗的时候患者的年龄和配合程度。上述这些因素，是影响选择麻醉方式的主要因素。
比如成年人前牙区比较小的含牙囊肿，就可以在局麻下进行手术，通过局部的神经传导麻醉或者是局部浸润麻醉，就可以实现良好的麻醉效果，患者不需要住院，门诊手术，手术结束以后就可以回家。对一些比较大的囊肿、比较靠后的囊肿，或者在儿童和青少年时期进行手术治疗，孩子还不能完全配合、成年人中有手术恐惧心理或者精神障碍的患者，局部麻醉不能配合。像这一类的含牙囊肿，在做手术治疗的时候就需要全身麻醉。
另外，对于体积比较大的含牙囊肿，如果一期采用开窗减压的方法，手术比较简单、比较小也可以通过局部麻醉进行，在囊肿缩小以后再进行二期刮治手术。如果比较大的含牙囊肿直接进行刮治手术，就需要选择全身麻醉。所以，含牙囊肿有些是可以做局部麻醉手术的，根据手术的方式、部位和患者的年龄、配合程度来进行选择。