每天早上起床嘴巴很苦有多种因素，包括生理与病理方面的不同原因。生理性方面可能是睡觉之前吃了一些苦味的食物，有一部分食物残渣在口腔内，就会使口腔内一直有比较苦的感觉。
也可能是口腔内部有感染引起的症状，比如病毒感染导致疱疹生长，细菌感染引起龋齿而诱发牙髓炎，都有嘴巴发苦的感觉。
胆道方面的疾病也是引起嘴苦的常见原因，由于胆道系统的病变，会影响到胆汁正常排泄。当堆积过多时会有部分反流，特别是睡觉时会加重而引起口苦。