前列腺囊肿可分为先天性前列腺囊肿和后天性前列腺囊肿。
先天性前列腺囊肿的病因是先天性发育异常，一般发生在胚胎期时期。患儿前列腺腺体的发育出现异常，表现为腺管狭窄，容易被梗阻，分泌物存积，形成囊肿，或者是腺管发育异常，于管腔内直接扩张形成囊肿。
后天性前列腺囊肿受其他疾病的影响，常见病因就是前列腺增生、慢性前列腺炎。前列腺增生时腺泡、腺管受到前列腺组织的挤压，出现梗阻，逐渐形成囊肿。
慢性前列腺炎时，受慢性炎症的刺激，前列腺结缔组织逐渐生长，腺管狭窄，分泌物存积形成囊肿。