肛瘘如果不通过手术治疗会反复发生局部的感染，还可能会由低位的肛瘘发展成高位的肛瘘，由简单的肛瘘发展成复杂性的肛瘘，可能会进一步加重肛门周围组织的损伤。
所以，肛瘘虽然手术复发率高，但也还是要通过手术进行治疗。只有通过手术治疗才能够达到临床上的治愈。单纯通过非手术的药物保守治疗，效果往往不理想，容易反复发生临床症状，可以刺激肛门的位置出现潮湿、瘙痒、刺痛，会对患者的健康和生活产生较大的影响。
肛瘘手术复发率高只是相对而言，在手术当中仔细操作，去除原发的感染内口，清除管道及坏死组织。术后按时换药，保持创面引流通畅，保持肉芽组织的新鲜，都可以降低术后复发的几率。